(G.) epi (= sobre, em cima) e (G.) didymos (= duplo, em dobro).
O termo didymos era usado para as gônadas de ambos os sexos e originalmente significava “duplo” ou “gêmeos”. Epididymos teria o sentido de “o que está sobre os gêmeos”, mas os médicos gregos sempre utilizaram a palavra para designar os testículos, desde os primórdios da Anatomia. Galeno usava o termo para as membranas que revestem os testículos e chamava o epidídimo, mais corretamente, de paradidimo. O primeiro a usar a palavra epididymos para designar a estrutura que conhecemos hoje foi Herófilo (300 d. C.), mas Riolan, em 1649, reintroduziu o termo em Anatomia, descrevendo o órgão em detalhes.